Las investigaciones preliminares, son adelantadas por el ente acusador, en contra del Secretario General del Senado por presuntas irregularidades en el ejercicio de sus funciones.
Una de las denuncias contra Otero que cursa en la Unidad Seccional de Fe Pública de Bogotá, indica que el Secretario General, “El 3 de enero de 2011 salió del país, regresando el día lunes 10 del mismo mes y año, salida e ingreso que realizó por la ciudad de Cartagena, (Bolívar), pero no obstante lo anterior y con fe de lo actuado, aparece firmando los días en que estuvo por fuera del país, en condición de Secretario General del Senado ,18 resoluciones, presentado así la conducta punible de falsedad ideológica en documento público", revela la denuncia.
Otra de las indagaciones contra Emilio Otero está relacionada con presuntas irregularidades por parte de del funcionario y el subsecretario, quienes vienen incurriendo en abandono del cargo, detrimento patrimonial al Estado y falsedad en documento público.
Estos funcionarios, según la denuncia presentada a la Fiscalía, piden vacaciones, se les paga prima de vacaciones y salen del país constantemente.